Die beste Einstreu ...
... nutzt nichts, wenn Sie das Gehege nicht regelmäßig säubern. Wie oft Sie die Reinigung vornehmen müssen, hängt von der Gehegegröße und der Anzahl der Tiere ab - als Faustregel gilt jedoch: 1 x pro Woche alles entfernen.
Verlassen Sie sich nicht auf Ihre Nase: Wenn Sie den Uringeruch wahrnehmen, sind die Nasen und Atemwege der Meerschweinchen bereits sehr viel länger belastet worden. Urin enthält Ammoniak, dessen Dämpfe schwerer sind als Luft und daher als «Gasblase» dicht über dem Boden schweben. Diese Dämpfe schädigen die Atemwege!
Verschiedene Einstreuarten 
Wenn Sie sich mal in einem Online-Shop umsehen, werden Sie von den verschiedenen Einstreumöglichkeiten schier überwältigt.
Einen Überblick über die verschiedenen Einstreuarten gibt Ihnen die 
Einstreutabelle (wird in neuem Fenster bzw. Tab geöffnet).
Viele Meerschweinchenhalter legen als unterste Schicht Zeitungspapier aus, da sich dann die ganze Einstreu zusammenrollen lässt. Möchten Sie das ebenfalls ausprobieren, verwenden Sie keine Zeitungen mit Farbdrucken, sondern normales Zeitungspapier (falls die Tiere doch mal dran nagen sollten). Ich finde es bei der Methode nur schwieriger, die «Zwischendurchreinigung» durchzuführen.
Mischen von Einstreuarten
Sie können die verschiedenen Einstreuarten auch schichtweise oder gemischt einsetzen, um so Vor- und Nachteile einzelner Arten zu kompensieren.
Johnny, Shirin und Weißpfötchen laufen z.B. auf folgenden Schichten: zuunterst Holzspäne (auch bekannt als Kleintierstreu), darüber eine Schicht Stroh und Natureinstreu und darüber wiederum eine komplette Lage Heu. Morgens gibt es als erstes frisches Heu an einzelnen Stellen. Abends wird das Heu frisch überstreut, wobei vorher Futterstücke und schlimme Nassstellen entfernt werden. Daher gibt es bei den dreien keine Heuraufe (anfängliche Versuche habe ich eingestellt, da meine drei dort ohnehin nicht oder kaum gefressen haben), da ständig frisches Heu zur Verfügung steht - und zwar in so großen Mengen, dass evtl. Nassstellen bei der Futteraufnahme keine Rolle spielen. Die Tiere fressen davon nichts.
Allerdings ist die Verwendung von Heu als Einstreu eine ziemlich teure Angelegenheit!
Einstreuarten mit Duft
Einige Hersteller bieten Einstreu mit Duft (z.B. Citrus oder Apfel) an. Der Duft überdeckt natürlich den Uringeruch sehr stark. Ich habe eine Variante ausprobiert und empfand den Geruch als künstlich und scharf - schon in sauberem Zustand hatte ich das Gefühl einer Augenreizung, nach wenigen Tagen wurde der Geruch extrem unangenehm. Da ich daher diese Einstreu nur kurzfristig einsetzte, kann ich nicht beurteilen, ob diese Zusätze wirklich meerifreundlich sind.
Allergiker
Auch unter Meeri gibt es Allergiker, die Weichholzspäne nicht vertragen und darauf insbesondere mit Augenentzündungen oder Atemwegserkrankungen reagieren. Oft ist die Ursache die Staubentwicklung und es lohnt sich der Versuch, den Hersteller zu wechseln oder die pelletierte Form einzusetzen. Hilft auch das nicht, müssen Sie eine andere Einstreuart ausprobieren.